El 2 de febrero de 1945 realizaba su primer vuelo desde Oranienburg el Horten H IX V2, también conocido como Gotha Go 229. Pilotado por Erwin Ziller, se trataba de un ala volante propulsada por dos reactores Junkers Jumo 004, pensada para misiones de caza. El primer prototipo, un planeador sin motores había realizado su primer vuelo el 1 de marzo de 1944 con resultados muy favorables, por lo que rápidamente se procedió a la instalación de motores y a sus pruebas.
El V1 era un planeador, y voló en marzo de 1944.
Antes incluso del primer vuelo se había ordenado una producción en serie de 40 unidades a la Gothaer Waggonfabrik, que se había hecho cargo del programa, al estar los hermanos Horten enfrascados en el diseño de un “Amerika Bomber”. El mismo 2 de febrero se realizó un segundo vuelo, y el piloto informó de muy buenas cualidades de vuelo. El H.IX resultó destruido en un tercer vuelo el 18 de febrero, cobrándose la vida de Ziller.
El 12 de marzo de 1945 el Ho.229 fue incluido en el programa de interceptor de emergencia, para acelerar su producción, y comenzó el trabajo en el tercer prototipo, que era más grande, y recibió diversas modificaciones. El V3 era realmente el primer aparato de preserie para los 20 primeros Ho-229 A-0, que debían utilizar el motor Jumo 004C, con un 10% más de potencia.
Inmediatamente comenzó también el trabajo sobre el V5, que debía representar un caza nocturno, equipado con radar, el V6, para pruebas de armamento, y el V7, un biplaza para entrenamiento.
Las tropas estadounidenses capturaron un planeador Horten y el V3, en fase de montaje, que fueron transportados a Estados Unidos, dentro de la Operación Seahorse. Durante este viaje se hizo una importante parada en Farnborough, Inglaterra, donde se intentó probar la viabilidad de equipar al prototipo con reactores ingleses. Los reactores ingleses eran de compresores centrífugos, más anchos que los de flujo axial desarrollados en Alemania, y no pudieron acoplarse. El único ejemplar existente está expuesto en el Smithsonian, junto a otros aviones alemanes capturados.
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