El Estado Mayor Conjunto (JCS) de los Estados Unidos estableció el primer programa secreto de reclutamiento, denominado Operación Overcast, el 20 de julio de 1945, inicialmente para «ayudar a acortar la guerra contra Japón y apoyar nuestra investigación militar de posguerra». El término «Overcast» fue el nombre que dieron los familiares de los científicos alemanes al campamento donde estuvieron recluidos en Baviera. A finales del verano de 1945, el JCS creó el JIOA, un subcomité de la Comunidad de Inteligencia Conjunta (JCI), para supervisar directamente la Operación Overcast y, posteriormente, la Operación Paperclip.

La iniciativa comenzó en serio en 1945, cuando los Aliados avanzaron hacia Alemania y descubrieron un gran talento científico e investigación avanzada que había contribuido a los avances tecnológicos alemanes en tiempos de guerra. La operación fue ejecutada principalmente por agentes especiales del Cuerpo de Contrainteligencia (CIC) del Ejército de los Estados Unidos. Muchos científicos seleccionados participaron en el programa de cohetes nazi, la aviación o la guerra química/biológica. Al año siguiente, la Unión Soviética llevó a cabo un programa similar, denominado Operación Osoaviakhim, que se centró en muchos de los mismos campos de investigación.

La operación, caracterizada por el reclutamiento de especialistas alemanes y sus familias, reubicó a más de 1600 expertos en Estados Unidos. Se ha valorado en 10 000 millones de dólares estadounidenses en patentes y procesos industriales. Entre los reclutas se encontraban figuras tan notables como Wernher von Braun, un destacado científico en tecnología de cohetes.

Von Braun y más de mil de sus colegas decidieron rendirse a los estadounidenses. Uno de los ingenieros recordó posteriormente sus opciones: «Despreciamos a los franceses, les tenemos un miedo mortal a los soviéticos, no creemos que los británicos puedan permitirse el lujo de mantenernos. Así que solo nos quedan los estadounidenses». El 20 de junio de 1945, se desplazaron desde el este, acercándose a las fuerzas estadounidenses, para evitar el avance del ejército soviético.

La operación no se centró únicamente en la cohetería, también se dirigieron a los combustibles sintéticos, la medicina y otros campos de investigación. Los notables avances en aeronáutica impulsaron tecnologías de cohetes y vuelos espaciales cruciales en la carrera espacial. La operación desempeñó un papel crucial en el establecimiento de la NASA y el éxito de las misiones Apolo a la Luna.
El 26 de abril de 1946, el Estado Mayor Conjunto emitió la directiva JCS 1067/14 al general Eisenhower instruyéndole a «preservar de la destrucción y tomar bajo su control registros, planos, libros, documentos, papeles, archivos e información científica, industrial y de otro tipo y datos pertenecientes a organizaciones alemanas dedicadas a la investigación militar», con excepción de los criminales de guerra y los científicos alemanes que sean detenidos con fines de inteligencia según sea necesario.

A finales de 1945, tres grupos de científicos de cohetes llegaron a Estados Unidos para trabajar en Fort Bliss, Texas, y en el Campo de Pruebas de White Sands, Nuevo México, como «Empleados Especiales del Departamento de Guerra».
En 1946, la Oficina de Minas de Estados Unidos empleó a siete científicos alemanes especializados en combustibles sintéticos en una planta química Fischer-Tropsch en Luisiana, Misuri.
A principios de 1950, se tramitó la residencia legal en Estados Unidos para algunos de los especialistas del Proyecto Paperclip a través del consulado estadounidense en Ciudad Juárez, Chihuahua, México. Así, científicos alemanes ingresaron legalmente a Estados Unidos desde Latinoamérica.

Entre 1945 y 1952, la Fuerza Aérea de los Estados Unidos patrocinó el mayor número de científicos de Paperclip, importando a 260 hombres, de los cuales 36 regresaron a Alemania y uno, Walter Schreiber, emigró a Argentina.
La Operación Paperclip formó parte de una estrategia más amplia de Estados Unidos para aprovechar el talento científico alemán ante las tensiones emergentes de la Guerra Fría y garantizar que esta experiencia no cayera en manos de la Unión Soviética ni de otras naciones. El legado de la operación ha seguido siendo controvertido en las décadas posteriores.

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