Anthony Herman Gerard Fokker nació el 6 de abril de 1890 en Kediri (Blitar), en la isla de Java, entonces parte de la Indias Orientales Holandesas. A los 4 años su familia decidió volver a Holanda, estableciéndose en Haarlem. Fokker fue un estudiante pésimo, siempre distraído con sus inventos, y con unos resultados desalentadores. Tonny evadió su servicio militar con un tema de salud, y a los veinte años partió para Alemania.

Después de construir dos aeroplanos fallidos de la mano de un tal Bruno Buechner, Fokker decidió fabricar uno con sus propias ideas. La máquina resultante, llamada Spin (Araña) resultó la primera que dio unos saltos, con Fokker a los mandos. Lamentablemente, se accidentó estando Fokker ausente. En 1911 fabricó otro Spin con las modificaciones aprendidas del primero. En mayo conseguía su licencia de piloto. El segundo Spin también se accidentó, pero el motor, un Argus de 50cv, pudo salvarse.
El tercer Spin estaba listo a finales de agosto, y Fokker realizo una demostración en Haarlem. El éxito de la misma, le reunió con su compañero de colegio Fritz Cremer y juntos partieron para Johannisthal, entonces la meca de la aviación en Alemania.

El 22 de febrero de 1912, Fokker Aviation Limited se registró en Berlín, con un capital de 20.000 marcos. Al estallar la Primera Guerra Mundial, el gobierno alemán tomó el control de la fábrica. Fokker permaneció como director y presunto diseñador de muchos aviones para el Servicio Aéreo del Ejército Imperial Alemán (Luftstreitkräfte), entre ellos el Fokker Eindecker y el Fokker Dr.I, el triplano que se hizo famoso en manos de ases como Manfred von Richthofen (el Barón Rojo). En total, su empresa suministró unos 700 aviones militares a las fuerzas aéreas alemanas, así como a la armada alemana y a Austria-Hungría.

A menudo se atribuye a Fokker la invención del dispositivo de sincronización que permitió a los aviones de la Primera Guerra Mundial disparar a través de la hélice giratoria. Su papel fue ciertamente importante, pero hubo una serie de desarrollos previos. El famoso piloto francés Roland Garros fue derribado el 18 de abril de 1915. Su avión estaba equipado con un dispositivo deflector, que consistía en la instalación de cuñas deflectoras metálicas en la hélice.

Esto inició una fase de consideración del concepto en el Servicio Aéreo del Ejército Imperial Alemán (Luftstreitkräfte). Fokker llevaba desarrollando un dispositivo de sincronización unos seis meses antes de la captura de la máquina de Garros. Además, ya en 1910 había patentes registradas en Francia, Alemania y Austria-Hungría que mostraban un dispositivo muy similar al ideado por Fokker.

Tras el final de la guerra, el Tratado de Versalles prohibió a Alemania construir aviones o motores de avión. El Armisticio, y no el Tratado de Versalles, señalaba el Fokker D.VII para su destrucción o confiscación, el único avión que se nombraba en el tratado. En 1919, Fokker regresó a los Países Bajos y fundó una nueva empresa aeronáutica, la Nederlandse Vliegtuigenfabriek (Fábrica Holandesa de Aviones), predecesora de la Fokker Aircraft Company. A pesar de las estrictas condiciones de desarme del tratado, Fokker no volvió a casa con las manos vacías: consiguió sacar de Alemania seis trenes de mercancías con aviones militares D.VII y C.I y piezas de repuesto a través de la frontera germano-holandesa.

Se afirma que Fokker utilizó 350 vagones de ferrocarril y se aseguró de que cada tren fuera demasiado largo para caber en los apartaderos de las vías férreas, donde normalmente se controla el contrabando de trenes. Weyl cita al propio Fokker diciendo que pagó 20.000 florines holandeses en sobornos. Los trenes incluían 220 aviones, más de 400 motores aéreos y mucho otro material. Estas existencias iniciales le permitieron establecerse rápidamente, pero su actividad se desplazó de los aviones militares a los civiles, como el exitoso trimotor Fokker F.VII/3m.

El 25 de marzo de 1919, Fokker se casa en Haarlem con Sophie Marie Elisabeth von Morgen. Este matrimonio terminó en divorcio en 1923. En 1927 se casó en Nueva York con la canadiense Violet Austman. El 8 de febrero de 1929, ella murió al caer desde la ventana de su suite de hotel. El informe policial original decía que su muerte había sido un suicidio, pero más tarde se cambió a «víctima de vértigo» a petición del personal de su marido

En 1926 o 1927, Fokker se trasladó a Estados Unidos. Allí fundó la filial norteamericana, la Atlantic Aircraft Corporation. La empresa adquirió gran notoriedad gracias a las audaces hazañas de los pilotos. El Fokker F.VII fue utilizado por el piloto Richard E. Byrd y el maquinista Floyd Bennett para sobrevolar o acercarse al Polo Norte el 9 de mayo de 1926. En junio de 1928, Amelia Earhart cruzó el Atlántico hasta Gales en un trimotor Fokker F.VII/3m, y en 1930 Charles Kingsford Smith circunnavegó el globo en otro.

Las empresas holandesa y estadounidense de Fokker estaban en la cima del éxito a finales de la década de 1920. Sin embargo perdió el control de las mismas al salir a bolsa. En 1929, General Motors adquirió Fokker Aircraft Corporation of America y la fusionó en General Aviation Corporation. Fokker fue nombrado director de ingeniería. Dimitió en 1931. Los diseños de Fokker eran cada vez más anticuados y en 1934 General Aviation suspendió su producción. Se siguieron construyendo en los Países Bajos.

Fokker murió a los 49 años en Nueva York en 1939 de meningitis, tras una enfermedad de tres semanas. En 1940, sus cenizas fueron trasladadas al cementerio de Westerveld en Driehuis, al sur de Holanda, donde fueron enterradas en la tumba familiar.
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