El 9 de julio de 1960 se bota en los astilleros navales de Portsmouth, en Kittery, Maine el USS Thresher (SSN-593), un submarino notable por diversos aspectos, a pesar de su corta carrera que terminaría en tragedia. El SSN-593 era el primero de una nueva clase de submarino nucleares de ataque para la marina norteamericana, y supuso una auténtica revolución en su momento gracias a sus capacidades, muy superiores a las de cualquier submarino del momento.
El Thresher, diseñado al mismo tiempo que la clase Skipjack, mucho más pequeña y con menos capacidades, incorporaba un reactor nuclear Westinghouse S5W que generaba 11 MW, o unos 15 caballos al eje. Su diseño se había optimizado para tener menos resistencia bajo el agua. Además del consabido casco en forma de gota de agua, su vela se había reducido y a pesar de que su diámetro era mayor que el Skipjack, debido a su sonar BQR-7, ocupando toda la parte delantera del casco, y obligando a desplazar los tubos lanzatorpedos hacia atrás, disparando 20 grados en oblicuo.
Su sistema de armas incorporaba por primera vez los SUBROC, un arma antisubmarina lanzada desde los tubos normales de 21 pulgadas, que se componía de un cohete que la llevaba a las cercanías del objetivo, con un alcance de poco más de 50 km. Podía incluir una cabeza nuclear W55, de 200 kilotones, preparada para detonar bajo el agua.
La clase Thresher, renombrada Permit después de la pérdida del submarino que la inauguraba, fue en su momento considerada la más equilibrada en términos de diversidad de misiones y capacidades, y de hecho fue la primera vez después de la segunda guerra mundial que Estados Unidos se lanzaba a la fabricación de una serie importante (14 Permit y 11 Sturgeon, una versión mejorada de la misma). De hecho, las siguientes clases de submarinos nucleares de ataque no han cambiado los principios básicos de los Thresher/Permit.
La pérdida del Thresher, el 10 de abril de 1963, con sus 129 tripulantes fue una de las mayores tragedias del arma submarina, y obligó a Estados Unidos a replantear completamente el funcionamiento, procesos y medidas de seguridad de su flota submarina. La pérdida del submarino parece que se debió a la rotura de una tubería de agua salada, que afecto a uno de los paneles de control y “congeló” el reactor, como medida de seguridad, lo que dejó al submarino sin propulsión. Por otra parte, no fue posible soltar lastre al haberse congelado las válvulas debido a la humedad en las mismas.
El submarino no tuvo posibilidad de relanzar su reactor y alcanzó la profundidad límite donde implosionó, cayendo sus restos a una profundidad de unos 2.600 metros, y quedando esparcidos en un área de 134.000 metros cuadrados. La gran operación de salvamento solo logró fotografiar gran parte de la zona donde estaba los restos. En 1964 en Trieste II recuperaba algunas piezas del submarino.
La marina norteamericana lanzo el programa SUBSAFE (Submarine Safety Programme), centrado en mejorar la calidad de los submarinos y anticipar su recuperación en caso de inundación. Cubre todos los sistemas que son críticos para la recuperación del buque mediante el control exhaustivo de procesos y materiales, además de métodos de ensamblaje, mantenimiento y pruebas, que deben ser certificados y trazables desde el momento de su fabricación.
SUBSAFE solo tiene el objetivo de evitar, y en su caso controlar la inundación. Otros programas se ocupan de seguridad anti incendio, seguridad en el manejo del sistema de armamento, o del reactor. Todo ello eleva el coste del submarino, pero mejora considerablemente su fiabilidad y rendimiento en servicio. Desde 195 a 1963, Estados Unidos perdió 16 submarinos en incidentes no relacionados con el combate. Desde 1963, solo se ha perdido el USS Scorpion (SSN-589). El Scorpion no estaba certificado en el sistema SUBSAFE.
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